Природно-заповедный фонд Ярославской области в настоящее время занимает около 456, 3 тысяч гектар, что составляет около 12, 5% территории области. В настоящее время в него входят:
- государственных природных заказников – 45 (228958,1 га.), из них:
- зоологических заказников – 14,
- ландшафтных заказников – 29;
- гидрологических заказников – 1;
- ботанических заказников – 1;
- памятников природы – 321 (56347 га).
Кроме этих видов особо охраняемых природных территорий в области находятся под охраной особо защитные участки леса, защитные леса и леса зеленых зон, водоохранные зоны и прибрежные полосы водоемов, защитные и запретные полосы вдоль железных и автодорог.
Даже болотные массивы (около 28) входят в состав особо охраняемых природных зон Ярославской области. Среди крупных болотных массивов, служащих местообитанием или местом отдыха птиц, особо выделяются:
- болото Солодиха (заказник) в Некоузском муниципальном районе, расположенное на пути массовых сезонных миграций водоплавающих птиц;
- болото Журавлиное (памятник природы) в Ростовском муниципальном районе – место гнездования серого журавля;
- болота-памятники природы Великий Мох в Большесельском, Колокшинское в Рыбинском, Маклаковское в Тутаевском муниципальных районах, являющиеся местом обитания глухарей и тетеревов.
Болота области очень богаты ягодниками морошки, черники, голубики, особенно клюквы, а также лекарственными травами.
Важнейшими элементами природного заповедного фонда Ярославской области являются две особо охраняемые природные территории федерального значения: Дарвинский государственный природный биосферный заповедник и Национальный парк «Плещеево озеро».
Дарвинский государственный природный биосферный заповедник был создан еще в 1945 году, сразу же после окончания Великой Отечественной войны (18 июля) по Решению Совета Народных Комиссаров РСФСР с целью сохранения природы Молого-Шекснинского междуречья и изучения влияния Рыбинского водохранилища на природные экосистемы. Второе звучит более правдоподобно, так как после создания рукотворного моря — Рыбинского водохранилища, не только ушли подводу целые села и города с памятниками старины и могилами предков, но и поменялась вся экосистема края.
С ноября 2002 года Дарвинский заповедник решением исполнительного Комитета международной программы ЮНЕСКО «Человек и биосфера» переведен в состав биосферных резерватов.
Национальный парк «Плещеево озеро» создан постановлением Правительства Российской Федерации от 17.07.98 № 777 «О национальном парке «Плещеево озеро» на базе Переславского природно-исторического национального парка областного значения. Национальный парк расположен в границах двух муниципальных образований: Переславского муниципального округа и г. Переславля-Залесского. Придание национальному парку федерального статуса позволило сохранить эту колыбель Петровской Руси и упорядочить его финансирование.
Охранная зона национального парка составляет 58,4 тыс. га. В нее вошли весь водосборный бассейн озера Плещеево с Берендеевским болотом, Половецко-Купанский болотный комплекс и город Переславль-Залесский.
Есть еще и довольно крупный заказник федерального значения «Ярославский» (создан в 1958 на терр. Даниловского и Некрасовского районов в целях охраны типичной и уникальной фауны, а также как резерват охотничьей фауны, способствующий расселению диких животных; общая пл. 14,3 тыс. га).